НДФЛ нужно перечислять по месту нахождения обособленного подразделения
Все российские организации, которые имеют обособленные подразделения, обязаны перечислять начисленные и удержанные налоги по месту своего нахождения, а также и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения (основание — п. 7 ст. 226 Налогового кодекса РФ).
Каждое обособленное подразделение по его местонахождению необходимо поставить на учет в налоговую (основание — п. 1 ст. 83 Налогового кодекса РФ). Из выплат работников каждого подразделения необходимо удерживать НДФЛ. При этом следует оформлять отдельные платежные поручения по каждому обособленному подразделению с указанием присвоенного ему при постановке на налоговый учет КПП и соответствующего кода ОКТМО муниципального образования, в бюджет которого перечисляется НДФЛ.
Такие разъяснения приведены в письме ФНС России от 12 марта 2014 г. № БС-4-11/4431@.