Пунктом 3 статьи 161 Налогового кодекса установлен особый порядок применения налога на добавленную стоимость при предоставлении на территории Российской Федерации органами государственной власти и управления, органами местного самоуправления в аренду федерального имущества, имущества субъектов Российской Федерации и муниципального имущества, согласно которому налоговая база по налогу на добавленную стоимость определяется налоговым агентом как сумма арендной платы с учетом налога. В этом случае налоговыми агентами признаются арендаторы указанного имущества.
В отношении услуг по предоставлению в аренду муниципального имущества, переданного организации в оперативное управление, особенностей по исчислению и уплате налога на добавленную стоимость главой 21 Налогового кодекса не предусмотрено. Поэтому при оказании организацией услуг по предоставлению в аренду муниципального имущества, переданного ей в оперативное управление, налогоплательщиком налога на добавленную стоимость является эта организация — арендодатель данного имущества (письмо Минфина России от 7 июля 2016 г. № 03-07-14/39827).