109 счет в Бюджетном учреждении

Прошу разъяснить использование счета 109 00 «Затраты на изготовление готовой продукции, выполнение работ, услуг» в бюджетном учреждении. Учреждение перешло на бюджетный тип 1 июля 2012 года. Отчетность за 2012 год сдана. Бухгалтерский отчет сформирован за второе полугодие 2012 года. Расходы были отнесены на 401 20 «Расходы текущего финансового года». Согласно новому плану счетов необходимо отражать прямые и накладные расходы учреждения. Помогите разобраться, какие расходы и на какой вид относить? Какими документами оперировать?