Исчисление и уплату в бюджет НДС должно осуществлять казенное учреждение, предоставляющее право ограниченного пользования земельным участком (сервитута), находящимся в собственности субъекта России и предоставленным этому учреждению в постоянное (бессрочное) пользование.
Положениями пункта 3 статьи 161 Налогового кодекса установлено, что база по НДС определяется налоговыми агентами, в интересах которых установлен сервитут. Указанные агенты обязаны исчислить, удержать и перечислить в бюджет соответствующую сумму НДС вне зависимости от того, исполняют ли они обязанности налогоплательщика, связанные с исчислением и уплатой НДС, и иные обязанности, установленные главой 21 Налогового кодекса.
База по НДС определяется налоговым агентом отдельно по каждому земельному участку, в отношении которого установлен сервитут, как сумма оплаты, перечисленной за установленный сервитут, с учетом налога.
Минфин России в письме от 18 июля 2025 г. № 03-07-11/69992 отметил, что указанный порядок уплаты НДС применяется только в случае предоставления права ограниченного пользования земельным участком (сервитута) органами государственной власти и управления, органами местного самоуправления, органами публичной власти федеральной территории «Сириус».